七月二十日，大元帅府宣布取缔一切鼓吹对齐战争、赞成或助长倭国建立霸权的极端民族主义政党，其中包括大政翼赞会、红龙会等17个臭名昭著的组织，对其进行严厉整肃。
第九百一十七章千秋霸业
八月，列入整肃名单的团体增加到一百个，超过三万三千名武士、大名遭到审判，九百多人被审判处死，超过五千人被流放、监禁。
十二月底，对幕府体制的清算基本宣告结束。
董邵伟觉得这些尚且不够，考虑到齐日战争结束前夕，倭国尚有超过八十万军队和数量可观的民间军事组织，董邵伟下令九十天内所有大名、武士必须无条件解除武装，向所在地的驻扎齐军交出武器，否则以叛乱分子处理。
景炎二十一年二月，除少数负隅顽抗分子进入富士山负隅顽抗，剩余约七十八万武士、足轻陆续向齐军交出武器。
销毁倭人武器的任务交给了第二十八兵团，他们焚毁了所有弹药库，点燃了飞艇，数百万计的火炮、步枪、手雷被投入日本海，一起被摧毁的还有无数军工厂和海军码头，飞艇基地等。
此外，惩罚战犯、对天皇幕府的审判也在通判进行。
对樱町天皇和德川吉宗的审判工作也在紧张地进行。
三月初，董邵伟宣布逮捕樱町天皇、德川吉宗等首批39名甲级战犯，四月底又逮捕了104名甲级战犯；景炎二十一年六月初，大元帅府临时军事法庭成立并开始审判这些战犯。同月，法庭判处天皇及征夷大将军等25人绞刑，16人无期徒刑，剩余战犯则被判处从十年到五十年不等的有期徒刑。
这些挑起齐日战争，妄图颠覆大齐的罪人终于得到了应有的惩罚。
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